随着高通量测序技术的发展，为了保证测序的质量与准确性，如何有效地控制测序及数据质量已引起研究者广泛关注。
测序质量控制（Sequencing Quality Control，简称SQC），指的是采用一系列技术和方法来检测和监测测序质量，以有效地控制获取的测序数据，并实现精准的科学研究结果。
SQC方法可分为前期和后期，前期指的是对测序样品的检验，例如检测EMC（excess molar concentration），检测库质量，检验模板和消耗，测序模型确定，用于确保高通量测序的结果准确，而后期SQC则针对的是测序输出数据的质量控制，其具体的实施步骤包括序列读取检测（reading test，多参考比对，QC参数计算等）。
此外，研究者还可通过独立研究，利用不同基因技术的差异，设计程序以建立SQC过程，如以RNA-seq为例，检测特定物种、染色体特定编码序列、分子功能区、基因转录特异性，确保结果的准确。
总的来说，高通量测序质量控制是一个有高度复杂性和多变性的过程，Omics蛋白与基因组研究的准确性与可靠性与质量控制息息相关，对于确保准确的科学研究，十分重要。
